２０××年、天に黒い太陽が現れ、この星を焼いた。

その時より「マモノ」と呼ばれる異形の生物達が徘徊しはじめる。
黒い太陽は『邪神』と呼称され、人々に恐怖と焦燥の念を与え続けていた。


数十年の時を経て、人類は一つの希望を見出す。
ムーンアインと呼ばれる人造人間。彼らにはマモノ特有の力が通じない特性を持っていた。
彼らの力を発展させ邪神を倒すため、戦艦『新月』が発進する。

少年コウもムーンアインであり、その一員として日々戦っていたが、
ある日事件がが起こり地上へ投げ出され、力尽きたところを地下の人間に回収されてしまう。
新月へ早く復帰するため地下街の主に訴えるコウだが、
三日間待てと釘を刺され、街に追い出されてしまう。

わけが分からないまま路地裏をうろうろしていたコウは、
そこで娼婦として春をひさぐ少女、ミカゲと出会う。

コウとミカゲの出会いが何を引き起こすのか･････その時は誰にも分からなかった。